Facundo Sebastián Roncaglia nasce a Chajari, in Argentina, il 10 febbraio 1987. Le sue origini sono italiane, più precisamente di Giugliano in Campania (Napoli), e alcuni suoi parenti risiedono a Maddaloni (Caserta): di fatto, è un calciatore comunitario.
Dopo i primi calci al pallone nello spiazzo davanti a casa fino a notte fonda, e le partite contro Messi giocate a 11 anni, arriva il suo debutto professionale. Il 21 ottobre 2007, all’età di 20 anni, esordisce nella Primera División, l’equivalente argentina della Serie A italiana, con la maglia del Boca Juniors contro l’Estudiantes de La Plata.
Nel 2008, anche per suo grande merito, il Boca Juniors vince il Torneo di Apertura della Primera División. Nella prima esperienza professionale al Boca colleziona un totale di 42 presenze tra campionato e coppe continentali, segnando due reti.
Il 30 luglio 2009 sbarca in Europa. È in prestito all’Espanyol, club della Liga spagnola, dove colleziona 23 presenze senza reti. La stagione successiva torna in Argentina, sempre in prestito, all’Estudiantes.
Nel 2011 torna a vestire la maglia del Boca, con la quale l’anno successivo sfiora la vittoria della Coppa Libertadores, perdendo in finale contro il Corinthians. Roncaglia segna il gol del momentaneo 1-0 nella partita di andata, ma salterà la gara di ritorno per motivi burocratici legati al suo contratto in scadenza.
L’ 11 luglio 2012 la Fiorentina ufficializza il suo ingaggio con un contratto quadriennale. Esordisce in serie A il 25 agosto 2012 in Fiorentina-Udinese, partita finita 2-1 per i viola. Segna la sua prima rete italiana il 22 settembre nella partita Parma-Fiorentina, finita 1-1, scagliando un bolide da fuori area: è il gol della consacrazione agli occhi dei tifosi della Fiorentina.